Rupert rezidencijų programa skirta Lietuvos ir užsienio kūrėjams: menininkams, kuratoriams, rašytojams, tyrėjams ir kitų kūrybinių veiklų atstovams, kuriems suteikiama galimybė gyventi ir dirbti Vilniuje, įgyvendinant individualius projektus ir įsitraukiant į vietos kultūrinę sceną. Veikianti paraleliai Rupert edukacinei ir viešajai programoms, rezidencijų programa leidžia bendradarbiauti su dalyviais ir mentoriais iš įvairių kultūros sferų, tuo pačiu dalyvaujant profesionalių kuratorių, menininkų ir mąstytojų vedamose paskaitose ir kūrybinėse dirbtuvėse.

Atviras kvietimas teikti paraiškas dalyvauti Rupert rezidencijų programoje yra skelbiamas vieną ar du kartus per metus. Dalyvius atrenka Rupert komandos narių ir kviestinių meno ekspertų sudaroma komisija.

Rupert įsikūręs vaizdingame Valakampių rajone, arti aktyvaus miesto kultūrinio centro, prie pat Neries upės bei mažo paplūdimio, laukų ir miško apsuptyje. Menininkų rezidencijos įrengtos 2013 m. suprojektuotame, apdovanojimus pelniusio Lietuvos architekto Audriaus Ambraso pastate. Kiekvienam rezidentui suteikiama studija su antresole (iš viso užimanti apie 52 kvadratinius metrus), kuria leidžiama naudotis kaip kūrybos ir tyrimų erdve visos rezidencijos metu. Visose studijose yra būtiniausi baldai ir bevielio interneto ryšys. Pastate taip pat yra skaitykla, susitikimų kambarys ir virtuvė, kuria gali naudotis rezidentai. 

Rupert rezidencijos yra nemokamos dėl kūrybinių industrijų parko Pakrantė, Lietuvos kultūros tarybos, partnerių rezidencijų ir kitų rėmėjų paramos. Rupert rezidentams suteikiama studija kūrybai, administracinė pagalba, konsultacijos ir surengiami bent du per mėnesį Rupert ir kviestinių kuratorių susitikimai su rezidentu. Rezidentai turi patys pasirūpinti kasdienėmis ir kelionės išlaidomis. Rupert komanda gali suteikti rekomendacinius laiškus būsimiems rezidentams, teikiantiems paraiškas savo rezidencijos projekto finansavimui.